La Comisión Nacional de Riego es un organismo de derecho público que se relaciona con el Gobierno a través del Ministerio de Agricultura, que tiene por misión "Coordinar la formulación y materialización de la política nacional de riego, para el óptimo aprovechamiento de los recursos hídricos del país con énfasis en el riego y el drenaje".

Sus principales objetivos de gestión son:

• Contribuir a la formulación de la política de riego nacional.
• Mejorar la eficiencia del riego a través de proyectos de desarrollo y transformación productiva.
• Focalizar los esfuerzos hacia el desarrollo de regiones extremas del país y grupos de productores en situación vulnerable.
• Fomentar la inversión privada en obras de riego mediante la optimización de inversiones y asignación de subsidios en riego y drenaje.
• Evaluar la factibilidad técnica y económica de inversiones en obras rentables de riego de las cuencas hidrográficas del país.

A fines de la década de los 60 se había detectado la existencia de una diversidad de servicios con actividades relacionadas con el tema Riego. Debido al carácter multisectorial de la materia, en 1975 se decidió crear la Comisión Nacional de Riego (CNR), a fin de constituirse en la entidad pública encargada de coordinar los esfuerzos y supervisar las inversiones en riego en el país.

Adicionalmente, en el año 1985 se incorporó dentro de sus funciones la administración de la Ley 18.450, de Fomento a la Inversión Privada en Obras de Riego y Drenaje (obras menores de riego y drenaje).

La CNR está organizada en un Consejo de Ministros integrado por los titulares de Agricultura – quien lo preside-, Economía, Fomento y Reconstrucción, Hacienda, Obras Públicas y Planificación y Cooperación. Además, cuenta con una Secretaría Ejecutiva, la cual tiene como función principal ejecutar los acuerdos que el Consejo adopte. La Secretaría Ejecutiva está organizada en cinco departamentos operativos y un departamento ejecutivo que actúa como coordinador de los anteriores:

• Departamento de Estudios: Desarrolla los estudios de factibilidad necesarios para incorporar nuevos terrenos al regadío y mejorar la superficie regada en aquellas áreas que sean de interés nacional.
• Departamento de Proyectos: Desarrolla investigación adaptativa, transferencia tecnológica y capacitación en riego y drenaje. Además, realiza estudios de comercialización y agroindustrialización en áreas de riego y drenaje.
• Departamento de Fomento de Obras Menores: Implementa la Ley N° 18.450 de Fomento a la Inversión Privada en Obras de Riego y Drenaje haciendo operativos sus concursos públicos a fin de permitir que el sector agrícola adquiera y se adapte rápidamente a las nuevas tecnologías de regadío, asegurando el abastecimiento de agua de predios y sistemas de riego e incorporando mediante el drenaje nuevas áreas a la producción agropecuaria.
• Departamento Jurídico: Unidad de apoyo en materias normativas al Secretario Ejecutivo, al Jefe del Departamento Ejecutivo y a los Departamentos restantes
• Departamento de Finanzas y Administración: Se ocupa de todos los aspectos administrativos y financieros de la Secretaría Ejecutiva. Cuenta con una unidad de Contabilidad y otra de Administración. Tiene a su cargo el Centro de Documentación.
• Departamento Ejecutivo: Es responsable de la coordinación de las actividades de los departamentos operativos. Su jefe se desempeña como Subrogante Oficial del Secretario Ejecutivo.

La CNR es un servicio centralizado que actúa por delegación de funciones – para la aplicación de la Ley de Fomento- a la Dirección de Obras Hidráulicas del Ministerio de Obras Públicas (DOH) y al Servicio Agrícola y Ganadero del Ministerio de Agricultura (SAG). A su vez, cada Director Nacional de estos servicios delega sus facultades en sus Directores Regionales ( en total, suman 26 oficinas regionales). También existen facultades delegadas a las Comisiones Regionales de Riego (13 comisiones).